VCF 파일 간단히 추출해보기 (Linux cut 명령어 이용)

VCF 파일에서 일부 필요한 부분만 간단히 추출하고자 할 때 간단히 사용하는 명령어

cat vcf_file_name.vcf | grep -V ^## | cut -f 1-5 > output.txt

- cat : vcf_file_name.vcf를 한 줄씩 읽어 들인다.

- grep : ##으로 시작하는 줄은 생략한다. (VCF 상단의 ##으로 시작하는 Annotation 정보들)

- cut : 1~5번째 컬럼만 추출한다.