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[엑셀] 사용자지정서식 활용하기 출처 : http://ms-office.tistory.com/45 1,000 단위 구분 * 마지막에 쉼표 2개를 사용하면 백만단위를 축약해서 표기 날짜 조건지정 공감수 0 댓글수 0 2018. 10. 22.
시퀀서 / 시퀀서 장비 Throughput 비교 (NextSeq, MiSeq, HiSeq) 일루미나 시퀀서 장비의 Throughput 비교http://nextgenseek.com/2014/01/how-does-nextseq-500-compare-with-miseq-and-hiseq/ Whole-Genome SequencingHow many large whole genome sequencing experiments (human genome at 30X coverage) in a single run?MiSeq: Not applicableNextSeq 500: OneHiSeq 2500: 1 – 10How many small whole genome sequencing experiments (30X or greater coverage of a 5 Mb microbial genome like E. Col.. 공감수 0 댓글수 1 2015. 11. 25.
NodeJs / npm 업데이트 중 오류 NodeJs 설치 중unable to verify the first certificate오류가 발생할 경우, 아래와 같은 명령어 실행 다시 시작 npm config set registry http://registry.npmjs.org/ --global 공감수 1 댓글수 0 2015. 11. 10.
JAVA/ Float 소수점 자리 출력 방법 float f = 0.55555f String str = String.format("%.2f", f); System.out.println("str = " + str); 공감수 0 댓글수 0 2015. 10. 26.
Java / 배열 내 문자열 포함 여부 쉽게 해결하는 법 if (Arrays.asList(yourArray).contains(yourValue)) { } 위 코드는 아래와 같다. for (Object o : yourArray) {if (o.equals(yourValue)) {...}} 공감수 1 댓글수 0 2015. 10. 22.
ACMG / NGS 기반 개인유전체 분석 시 참조할 만한 변이 분류 가이드라인 ACMG 가이드라인 논문도 있고, 사이트도 참조(http://www.genomize.com/blog/content/ngs.html)아래와 같이 변이에 대해 Evidence Level을 분류한다. PVS1:Null variant (nonsense, frameshift, canonical ± 1 or splice sites, initiation codon, single or multiexon deletion )PS1:Same aa change as previously established pathogenic variant regardless of nucleotide changePS2:De novo in a patient with the disease and no family historyPS3:In vitr.. 공감수 0 댓글수 0 2015. 10. 21.
JAVA / Array(배열)을 구분자(콤마 등)를 포함한 문자열로 변경 StringUtils.join(배열, ',');orString test = String.join("|", list_acc); String returnedItems = "a,b,c"; List sellItems = Arrays.asList(returnedItems.split(","));Now iterate over the list and append each item to a StringBuilder:StringBuilder sb = new StringBuilder(); for(String item: sellItems){ if(sb.length() > 0){ sb.append(','); } sb.append(item); } String result = sb.toString(); 공감수 3 댓글수 1 2015. 10. 21.
Python / Strand에 따라 Genome Sequence 바꾸기 GATK로 Variant Calling을 해서 나온 VCF의 Ref, Alt는 모두 Forward Strand 방향이므로,VCF의 Ref, Alt를 다른 DB와 Mapping 한다고 하면 항상 Strand에 유의해야 한다.따라서 Strand를 통일 시켜 주기 위해 아래와 같이 코딩하면 간단하다. import string def complementary_strand(strand): return strand.translate(string.maketrans('TAGCtagc', 'ATCGATCG')) if (strand = "-"):reverseRef = complementary_strand(ref)reverseAlt = complementary_strand(alt) 공감수 0 댓글수 0 2015. 10. 20.
SED / 리눅스 텍스트 파일 내 특정 라인 출력 sed -n '16224,16482p;16483q' filename 공감수 0 댓글수 0 2015. 10. 20.
GREP / 파일 내 특정 라인 제외하기 cat [FileName] | grep -v "^a" > [Output] 공감수 0 댓글수 0 2015. 10. 20.
BEDTOOLS / VCF 파일 내 타겟 BED 영역 추출하기 출처 : http://bedtools.readthedocs.org/en/latest/content/tools/intersect.html VCF 파일 내 타겟 BED파일에 포함된 부분 추출하고자 할 때 "BEDTOOLS"를 사용하면 좋다. bedtools intersect [OPTIONS] -a \ -b 예시 - 기본$ cat A.bed chr1 10 20 chr1 30 40 $ cat B.bed chr1 15 20 $ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed chr1 15 20 예시 - [-u] 옵션$ cat A.bed chr1 10 20 $ cat B.bed chr1 15 20 chr1 17 22 $ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -u chr.. 공감수 0 댓글수 0 2015. 10. 20.
Genome / SNP, MNP, INDEL의 구분과 로직 DefinitionsThe definition of a variant is based on the definition of each allele with respect to the reference sequence. We consider 5 major types loosely decribed as follows.1. SNPThe reference and alternate sequences are of length 1 and the base nucleotide is different from one another.2. MNPThe reference and alternate sequences are of the same length and have to be greater than 1 and all nucl.. 공감수 0 댓글수 0 2015. 8. 6.
Python / Dictionary 자료형 선언하는 다양한 방법 >>> a = dict(one=1, two=2, three=3) >>> b = {'one': 1, 'two': 2, 'three': 3} >>> c = dict(zip(['one', 'two', 'three'], [1, 2, 3])) >>> d = dict([('two', 2), ('one', 1), ('three', 3)]) >>> e = dict({'three': 3, 'one': 1, 'two': 2}) >>> a == b == c == d == e 공감수 0 댓글수 0 2015. 8. 4.
Python / 대용량 파일 빠르게 읽는 법 with open("open_file_name.txt") as f :for line in f:print line # TO DO Something Line By Line 형태로 데이터를 읽어서 처리한다. 공감수 0 댓글수 0 2015. 8. 4.
VCF 파일 간단히 추출해보기 (Linux cut 명령어 이용) VCF 파일에서 일부 필요한 부분만 간단히 추출하고자 할 때 간단히 사용하는 명령어 cat vcf_file_name.vcf | grep -V ^## | cut -f 1-5 > output.txt - cat : vcf_file_name.vcf를 한 줄씩 읽어 들인다.- grep : ##으로 시작하는 줄은 생략한다. (VCF 상단의 ##으로 시작하는 Annotation 정보들)- cut : 1~5번째 컬럼만 추출한다. 공감수 0 댓글수 0 2015. 8. 4.
UMLS 다운로드 1. UMLS에 가입한다. http://www.nlm.nih.gov/research/umls/ 2. 웹에서 직접 다운로드 받으려면 1번, 리눅스 서버 등에서 받으려면 2번 직접 다운로드 할 경우1번. http://www.nlm.nih.gov/research/umls/licensedcontent/umlsknowledgesources.html 리눅스 서버 등에서 스크립트를 이용하여 다운로드2번. http://download.nlm.nih.gov/rxnorm/terminology_download_script.zip 2-1. 스크립트를 이용하여 다운로드 할 경우, 아래 참고 sh curl-uts-download.sh http://download.nlm.nih.gov/umls/kss/2013AA/full/2013.. 공감수 0 댓글수 0 2015. 6. 23.
Server / ufw 설정방법 출처 : http://webdir.tistory.com/206 우분투의 기본적인 방화벽은 UFW입니다. 이는 iptables를 좀 더 쉽게 설정할 수 있도록 한 것인데 간단한 방화벽 구성에는 문제가 없지만 수준 높은 방화벽 구성에는 iptables 룰을 직접 사용해야 합니다.참고 : 우분투 UFW help 가이드UFW 사용법UFW 기본 설정법에 대하여 알아보자.UFW 활성화/비활성화UFW는 기본 비활성화 상태이기에 이를 활성화 한다.sudo ufw enable UFW 비활성화sudo ufw disable UFW 상태 확인sudo ufw status verbose UFW 기본 룰UFW에 설정되어 있는 기본 룰은 아래와 같다.들어오는 패킷에 대해서는 전부 거부(deny)나가는 패킷에 대해서는 전부 허가(al.. 공감수 0 댓글수 0 2015. 5. 9.
MySQL / MySQL Character 설정 my.ini 에 [client]default-character-set=utf8 [mysql]default-character-set=utf8 [mysqld]collation-server = utf8_unicode_ciinit-connect='SET NAMES utf8'character-set-server = utf8[출처] mysql charset 변경|작성자 오랭 공감수 0 댓글수 0 2014. 12. 23.
[펌] 고객세분화, 고객선정방법 http://mbanote2.tistory.com/57 공감수 0 댓글수 0 2014. 8. 13.
[동향] 2014년 8월 2주 Bioinformatics, Healthcare 동향 일본 야후, 개인 유전자 분석해준다. (2014-08-11)http://www.zdnet.co.kr/news/news_view.asp?artice_id=20140811163930- 일본 야후가 개인 유전자분석 서비스를 올 10월부터 시작- 야후 헬스케어는 6월부터 5,000명 대상으로 질병, 요실금, 음주량 등 300개 항목과 DNA 조상분석 포함하여 모니터링 시작- 야후 유전자 서비스는 개인의 건강 정보를 수집하고 시각화해 저장할 수 있는 PHR도 제공- 향후, 유전자 분석 정보뿐 아니라, PHR을 포함한 정보를 종합적으로 분석하고 건강을 유지하기 위한 조언도 제공할 예정 의사없이 유전자검사 허가검토… 유전체산업 훈풍불까? (2014-08-08)http://news.mt.co.kr/mtview.php?.. 공감수 0 댓글수 0 2014. 8. 13.
비즈니스 설계 모델 9가지 1. 고객 세그먼트(Customer Segments) : 상품이나 서비스를 제공하고자 하는 고객집단. 2. 가치제안(Value Propositions) : 고객의 문제를 해결하는 것과 고객의 욕구를 만족시키는 것. 3. 채널(Channels) : 가치 제안이 커뮤니케이션, 유통, 세일즈 채널을 통해서 고객에게 전달되는 것. 4. 고객관계(Customer Relationships) : 고객을 창출하고 유지하는 것. 5. 수익구조(Revenue Streams) : 가치제안을 고객에게 성공적으로 제공하여 얻게 된 결과. 6. 핵심자원(Key Resources) : 고객에게 가치를 제공하고 전달하는 데 필요한 자원. 7. 핵심활동(Key Activities) : 고객에게 가치를 제공하고 전달하기 수행하는 활동... 공감수 1 댓글수 0 2014. 8. 8.
FASTQ SAMPLE 공감수 0 댓글수 0 2014. 6. 19.
[jQuery] jQuery Select Box 제어하기 출처: http://blog.daum.net/twinsnow/124 jQuery로 선택된 값 읽기$("#selectBox option:selected").val();$("#select_box > option:selected").val()$("select[name=name]").val(); jQuery로 선택된 내용 읽기$("#selectBox option:selected").text(); 선택된 위치var index = $("#test option").index($("#test option:selected")); ------------------------------------------------------------------- // Add options to the end of a select$(".. 공감수 42 댓글수 1 2014. 5. 16.
MySQL / EXPLAIN 설명(펌) [출처] http://najuung.tistory.com/24오늘은 explain plan에 대해 배워보도록 하겠다. 1. explain의 정의 explain Plan란 SQL을 수행하기전 데이터를 어떻게 가져올 건지에 대한 실행계획을 의미하며 데이터 performance를 확인 하고자 할때 explain Plan 명령어를 사용한다. 2. 사용방법2.1 ) SELECT 에서 explain 사용하기 select explain을 사용하려면 SELECT 키워드 앞에 explain을 붙여주면된다. 간단하게 user라는 테이블과 author이라는 테이블이 있다라고 할때 두 테이블을 조인한 테이블에 대하여 explain을 주었다.아래는 두 테이블에 대한 explain 결과이다. [그림 1] EXPLAIN .. 공감수 5 댓글수 0 2013. 1. 23.
2012년 10월 1주차 [헬스케어/맞춤의학]진료 노트, 환자와 공유하면 치료에 효과적헬스케어 3.0: 건강수명 시대의 도래 [클라우드/빅데이터/융합]ENCODE 프로젝트 - 클라우드 기반 게놈 분석 서비스 이용 [종합]미국 경쟁력의 열쇠는 '융합연구'(사이언스타임즈) 공감수 0 댓글수 0 2012. 10. 8.
Python / Python 기본 파일 입출력, Parsing import MySQLdb import datetime import time fopen = open("sample.txt", "r") fresult = open("data3_drug_era.txt", "w") def split_date(_date): arrDate = _date.split("-") return datetime.date(int(arrDate[0]), int(arrDate[1]), int(arrDate[2])) try: group = [] for i, each_line in enumerate(fopen): (pk, concept, person, visit, a, value, start, end, interval, unit, quantity, import_date) = each_line.spl.. 공감수 0 댓글수 0 2012. 9. 5.
Python / 숫자, 소수점 정규표현식 isnumeric = bool(re.match('[0-9]+$|[0-9]+(\.[0-9])|-[0-9]+$|-[0-9]+(\.[0-9])', lab[5])) 공감수 0 댓글수 0 2012. 7. 23.
MySQL / Insert, Update 할 때 Select 이용하기 MySQL에서 Insert, Update 할 때에 Select문을 이용하면 훨씬 유용하다. UPDATE QUESTION q, medication.`form_fsq` f SET q.FORM_form_ID = f.`form_pk` WHERE q.`question_ID` = f.`fsq_id`; INSERT INTO CONCEPT(concept_type, source_ID, source_CD, source_name, ref_source_ID) SELECT 'LAB', lab_ID, lab_CD, lab_name, 1 FROM LAB; 공감수 3 댓글수 0 2012. 7. 23.
Python / Text parsing and match Python 텍스트 파싱과 매칭되는 단어 찾기 logfile = open("logfile.txt", "r").readlines() KEYWORDS = ['test', 'text'] counterline = [] counter = 0 for line in logfile: for word in line.split(): counter+=1 if word in KEYWORDS: counterline.append(counter) print word print KEYWORDS print counterline 공감수 0 댓글수 0 2012. 5. 11.
Python / CSV파일에서 그룹지어 계산하기 import csv from collections import defaultdict # a dictionary whose value defaults to a list. data = defaultdict(list) # open the csv file and iterate over its rows. the enumerate() # function gives us an incrementing row number for i, row in enumerate(csv.reader(open('python_test.csv', 'rb'))): # skip the header line and any empty rows # we take advantage of the first row being indexed at 0 # i.. 공감수 0 댓글수 0 2012. 5. 11.

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