BEDTOOLS / VCF 파일 내 타겟 BED 영역 추출하기

출처 : http://bedtools.readthedocs.org/en/latest/content/tools/intersect.html

VCF 파일 내 타겟 BED파일에 포함된 부분 추출하고자 할 때 "BEDTOOLS"를 사용하면 좋다.

bedtools intersect [OPTIONS] -a <FILE> \
                             -b <FILE1, FILE2, ..., FILEN>

예시 - 기본

$ cat A.bed
chr1  10  20
chr1  30  40

$ cat B.bed
chr1  15   20

$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed
chr1  15   20

예시 - [-u] 옵션

$ cat A.bed
chr1  10  20

$ cat B.bed
chr1  15  20
chr1  17  22

$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -u
chr1  10   20