Python / Strand에 따라 Genome Sequence 바꾸기

GATK로 Variant Calling을 해서 나온 VCF의 Ref, Alt는 모두 Forward Strand 방향이므로,

VCF의 Ref, Alt를 다른 DB와 Mapping 한다고 하면 항상 Strand에 유의해야 한다.

따라서 Strand를 통일 시켜 주기 위해 아래와 같이 코딩하면 간단하다.

import string

def complementary_strand(strand):

    return strand.translate(string.maketrans('TAGCtagc', 'ATCGATCG'))

if (strand = "-"):

reverseRef = complementary_strand(ref)

reverseAlt = complementary_strand(alt)