Pathway / Pathway Visualization Tools

Pathway Visualization Tools 조사

cPath

http://cbio.mskcc.org/cpath/home.do

• cPath는 XML 형태로 추출이 가능하다.
• 추출한 XML 파일은 Cytoscape라는 프로그램을 통해 Pathway를 그리게 된다.
• Cytoscape라는 프로그램을 설치해야한다.

 

CoryneRegNet

http://coryneregnet.cebitec.uni-bielefeld.de/v5/

• yFiles JAVA graph library를 사용함. http://www.yworks.com
• 속도가 많이 느림.
• Java applet을 실행하기에 JRE를 설치해야함.

 

KEGGspider

http://mips.helmholtz-muenchen.de/proj/keggspider/

• JRE가 필요
• Medusa program을 이용해 Visualization을 하고 있음(Good)
• Medusa: http://coot.embl.de/medusa/

 

PathExpress

http://bioinfoserver.rsbs.anu.edu.au/utils/PathExpress

• Graphviz를 사용함.
• Entry(ID?), Name, Reaction, Pathway, Assignment(Description)

 

KEGGanim

http://biit.cs.ut.ee/kegganim

• Animation이 인상적임.
• 어떤 그래픽툴을 사용했는지 모르겠음.

 

WholePathwayScope

 http://www.abcc.ncifcrf.gov/wps/wps_index.php

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