Genome / Gene Expression

Expression profiling DNA Chip

• Expression profiling
  • 유전자 발현을 분석
  • 인간을 포함한 40여종 이상의 Whole genome DNA chip이 상용화
  • Oligonucleotide (25~80bp)
• Genotyping
  • 유전자 변이를 분석

       

제작방법

• 두 개의 다른 환경에서 얻은 세포들로부터 total RNA를 추출
• RNA를 reverse transcription 시킬 때 빨간색과 녹색을 띤 cDNA를 합성
• cDNA를 똑같은 양으로 섞어서 DNA chip에 결합

     

측정방법

• 각 spot에서 얻어진 수치 데이터는 slide glass 표면에서 방사되는 background intensity에 의한 값이 포함되어 있으므로 정확한 intensity 값은 spot의 foreground intensity에서 spot 주위의 background intensity 값을 제외한다.

     

     

Normalization

• Intensity-based normalization
• Box plot normalization, print-tip normalization, scale normalization

     

   

유용한 Gene 선별

• Fold change
• t-test
• Fold change + t-test

     

   

선별된 유전자들은 유전자 기능에 따른 분석을 진행

• 동일 시간상에서 유사한 발현 양상을 보일 것이라는 가정 하에 이루어짐.
• Gene ontology
  • 선별된 유전자들이 어떠한 기능을 가지며, 그에 따라 어떻게 분류되는지 분석할 수 있다.
• Pathway
  • KEGG
  • 선별된 유전자들이 Pathway 내에서 유전자들의 발현 양상에 따라 활성 또는 저해되는지 분석할 수 있다.