Pathway / BioPAX & SBML[copy]

출처: http://cybog337.blogspot.com/2010/03/biopax-sbml.html

BioPAX SBML

현대의 HT 기술과 표준화된 디비들은 생물학 지식 축적을 가속화하고있다. 이 지식들은 고도로 구조적이다.

생체네트웍데이터는 생명데이터의 복잡한 특성을 보여주고 있다. 동적인 생화학반응과 다양한 컴포운드 및 분자 복합체간의 상관성을 보여주는 것은 하나의 도전이 되고 있다.

BioPAX와 SBML은 네트웍정보를 보여주는 일반적 틀이다. 이들 포준들은 복잡한 시스템수준의 생명지식을 표현하는데 사용되어 생체분자간의 각 상호작용의 리스트세트를 넓히며, 이런 데이터의 자동화분석을 가능하게 한다.
이것은 PSI-MI와는 또다른 표준인데, PSI-MI는 각 상호작용의 자세한 정보는 제공하지면, 상호작용으로부터 발생하는 보다 일반적 시스템을 설명할수 없다.

SBML과 BioPAX가 동일한 목적을 위해 사용되어질 수 있지만, 각 표준의 촛점은 분자기전의 큰 시스템을 설명하는 것이고, 개별 상호작용의 설명은 덜 고려된다. 필요하다면, 네트웍의 페어와이즈 상호작용을 보여주는 pathway map을 SBML,BioPAX에 의해 제공되는 네트웍정보로부터 생성할 수 있다.

BioPAX는 일반적 네트웍 표현과 SBML보다 나은 충분히 자세한 네트웍개체를 합칠 수 있을 것이다. BioPAX의 계층적 특성(hierarchical nature) 때문에 상호작용과 생분자의 자세한 표현이 이루어질수 있는 반면, 보다 일반적 수준에서 질의를 허러가한다. 예를 들면, 분자복합체의 하부구조를 BioPAX에서 설명될수 있지만, 반면 SBML의 다음 버전에서만 설명될 수 있다. 2? 3? (2009.12현재 level3 ver 1 core, 따라서 이 문제는 해결되었을듯).

BioPAX의 네트웍은 정적이라, 네트웍안의 동적인 반응에 대한 고려가 전혀 없다. 반면, SBML은 정량적모델을 지원하며, 생화학네트웍의 동적인 표현을 위해서는 보다 나은 선택이 된다. SBML의 증가된 수학적 복잡도는 개별 분자와 상호작용들의 단순화된 표현에 의해 균형이 잡혀진다. BioPAX가 네트웍내의 분자들간의 고나계를 계층적으로 표현하는데 반해, SBML은 수식을 사용하여 이 관계를 표현한다. SBML 모델은 BioPAX 모델보다 덜 구조적이지만, 보다 정량적이고 자세한 상호작용과 생화학적 반응에 대한 고려들을 제공한다.

특화된 표준의 활용은 일반적으로 동의된 스켐에 대한 표현을 제한하는 팩터에 의존한다. 사용자친화적 정의들과 구조들은 데이터 핸들링에 대한 다른 문제들을 야기할 수 있으며, 아이디어의 표준화에 적합하지 않다. 그러나 부가적 정보를 포함할 수 있는 가능성은 생명과학연구에 필수적이다. 두가지 표준 모두 제한적이나마 해결을 위한 방법을 제공하고 있다. 이들은 또한 생분자의 표준화된 이름을 사용해야 하지만 표준이름의 사용을 강요하지는 않는다.

BioPAX와 SBML모두 XML에 기반하고 있다. XML은 널리 사용되는 문자 기반 계층구조 정보 스켐을 가진다. 잘 확립된 온톨로지 연관어의 장점은 이러한 모델들이 쉽게 출한이 가능하다는 것이다.

BioPAX와 SBML모두 생명정보학 커뮤니티에서 대중성을 가지기 시작했고 생체네트웍정보의 공유를 위한 표준을 약속하고 있다. BioPAX와 SBML의 발달은 커뮤니티 기반이다. 새로운 특징들이 커뮤니티 필요에 따라 부가되고 있다.

정리하면, BioPAX와 SBML은 모두 생체네트웍을 표현하는데 사용되지만, BioPAX는 자세한 정적인 분자간의 네트웍 관계를 표현하는데 좋고, SBML은 동적 네트웍의 전산적 시뮬레이션을 표현하는데 좋다.

SBML2BioPAX converter가 EBI에 의해 제공됨.

작성자: 싸이보그337 시간: 오후 11:22